Een arbeidsdeskundig onderzoek biedt helderheid over de werkcapaciteiten en inzetbaarheid van een zieke werknemer. Dit onderzoek wordt typisch uitgevoerd tussen de 42e en 52e week van ziekteverzuim, maar kan ook eerder plaatsvinden bij stagnatie in de re-integratie.
Arbeidsdeskundigen richten zich eerst op de mogelijkheid van terugkeer naar de eigen functie. Hierbij wordt de belasting van de huidige functie en de belastbaarheid van de werknemer (beoordeeld door de bedrijfsarts) met elkaar vergeleken en vastgelegd in een rapport. Als terugkeer naar de huidige functie (tijdelijk) niet mogelijk is, wordt onderzocht of aanpassingen in het werk dit wel haalbaar maken. Ook worden andere functies bij de huidige werkgever onderzocht. Dit staat bekend als re-integratie eerste spoor. Indien terugkeer bij de eigen werkgever niet mogelijk is, worden de mogelijkheden voor werk bij een andere werkgever verkend: re-integratie tweede spoor.